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手把手教你设计引物
点击次数:179 发布时间:2019-02-18

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维持原图长宽比:确认

 

引物设计的帖子不少,以前很多战友会推荐Oligo、PrimerPremier、DNA man等等软件。这些软件设计完后还是要去BLAST比对下,所以我教大家一种易懂实用的在线设计方法,觉得好的话请投个票。

 

就以人的PTEN基因为例,首先你要找到他的基因序列,如果你要用的是cDNA,就找它的mRNA序列。如果你要做的是DNA,就找DNA的序列。

 

以cDNA为例,普遍的一种方法是上PUBMED中GENE栏搜索找到cDNA那栏,但PUBMED导出序列不太方便,我介绍个网站 asia。ensembl。org/index。html

 

1。 输入目的基因,进入

 

2。在左侧栏选择TRANSCRIPT,选择后进入

 

3。 选择PTEN-001中的TRANSCRIPT进入,点击左侧cDNA

 

4。 然后点击CONFIGURE THIS PAGE进入设置你要显示的内容

5. 除了栏SHOWEXONS选择YES外,其他的都选择NO,然后取个名字保存SAVE CONFIGURATION AS

 

6。 然后在左侧栏点击DOWNLOADVIEW AS RTF可下载你要的cDNA序列,这个文件可以用WORD打开,不同的颜色代表一个外显子间断

 

 

下载后打开的WORD

 

7。 然后根据可以根据你感兴趣的序列设计引物了,比如我在分别在第6和第7外显子分别设计上下游引物。选取并复制第6和第7外显子序列

8. 登陆ncbi.nlm.nih.gov/tools/primer-blast/,粘贴这段序列,设置好RANGE和PCR产物的大小,然后在下面点击GET PRIMERS,可以在线设计并比对引物

9.后选择一个比较特异性的引物,条带大小要尽量单一,其他的基因序列尽量不要比对到

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