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如何把高分文章拆分成桥段
点击次数:281 发布时间:2018-04-19

首先看看标题,讲得就是个LncRNA的一个关键的高保守序列,在肿瘤侵袭上的作用。然后是摘要:

大致的意思是这个LncRNA的表达和肿瘤的侵袭有密切关连,它能通过与PRC2结合产生作用。好吧,废话不多说了,我们进入到这篇文献的桥段环节:

首先是桥段A,所有蚊帐的桥段A基本上都是用来说明一个问题:为啥我们要研究这个基因?这篇文献的桥段A主要用到的是数据挖掘,有三种策略,或者说是子桥段:GEO数据挖掘,TCGA数据挖掘,还有就是TCGA的生存曲线数据。

当然,还有的文献在桥段A中会用到自己做的芯片等等,这都是比较常见的。

接着这个桥段B就是为了证明这个筛选到的基因所表达的表型而存在的。由于题目中也了解到了,这是讲肿瘤侵袭的,于是,桥段B中涉及的表型,就全部都说围绕肿瘤侵袭表型而设计的了。比如说移植到裸鼠的肿瘤,划痕实验和TransWell。然后B4用柯霍氏法则来验证了一下基因与表型的关联性。如果谁研究的表型也涉及到了肿瘤的侵袭,那应该仔细看一下,这篇文献做得挺全面了已经。

接着是桥段C一般的较低分的蚊帐,不会在做完体外表型实验后,再做体内动物实验(裸鼠严格意义上也不算完全的体内实验)。而这篇文献在肿瘤侵袭这个表型上所采用的桥段已经相当完备了。

在表型验证完备的情况下,需要做的就是机制的验证——桥段D。而机制验证桥段中,常见的一种方法,就是对所研究的基因进行去除关键Domain的验证——桥段D1,这种验证方法,一般也是伴随这柯霍氏法则来进行验证的。也就是去掉某个Domain,基因无法发挥作用,这个Domain所涉及的功能即是值得注意的。

这里描述的是LncRNA,这种桥段也能用在蛋白激酶的磷酸化上。比如,突变了某个磷酸化位点,无法起到作用,都是用了这个桥段。

接着的桥段D2,也是比较常见的基因机制研究的桥段,也就是下游基因的验证。这里采用的是比较有钱的策略,就是将过表达LncRNA的样本和肿瘤样本做了个芯片。当然,这样就能发现LncRNA具体作用的下游基因是什么了。接着就是D2-2——下游基因的表达验证。

那没钱的话桥段D2该怎么做呢?这个其实也简单,不用做芯片了,做点表型相关的明星分子的表达检测就行了,比如侵袭表型,就做点MMP2/9啊,SNAIL啊,当然这就会变得有点Low……

zui后的桥段,一般是机制研究比较*的桥段了,就是实实在在验证基因间的互作——桥段D3。这里用了类似Pulldown的方法,验证蛋白与LncRNA的互作(右下角),其余都是验证具体LncRNA过表达后是否会影响到结合的这个蛋白复合体的启动转录的功能。

如果换个别的机制呢?还是这个桥段,研究蛋白互作,那就做一堆Co-IP,然后验证互作。看结合后是否对互作基因的功能产生影响咯。

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