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miRNA和基因的网络要这么画
点击次数:236 发布时间:2018-04-24

要教你们怎么来做miRNA的互作网络图。虽然信号通路解决不了太多问题哈,但是网络图还是能画出来的。首先登陆到你们熟悉的miRwalk上去:

不过不要弄错,你们肯定会登陆到miRwalk2.0这个,那剩下的跟以前就一样,只能用来预测结合位置,这里我们登陆的是miRwalk3.0,直到这个月都还在更新的3.0。

我们输入要分析的miRNA或者输入要分析的基因,当然都可以:

然后就会产生有结合的结果了:

你们会看到底下有三个按钮,分别是导出,绘图和GSEA。导出就不用说了,GSEA就是按照结合能力对结合的基因赋值,然后进行GSEA的分析:

主要还是信号通路和GO term。绘图就是形成这么多miRNA和mRNA之间的互作图了:

要是觉得这样的图都没联通起来,那就需要调整一下结果中的筛选选项:

这里是可以选择多个数据库数据交集,或者调整结合相关系数的,调整后,就变成了这样:

当然,这miRNA和mRNA都是我随便选的,你们自己要的话,就按照自己筛出来的基因去画哈。

 

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